2004年3月，孔令新离开军区总医院，到昌惠生堂专科医院任男科主任，副院长，总经理，在实践中学习医经营管理知识，积累实践经。同时吉木萨尔县成立积善堂前列腺疾病健康咨询中心，为当患者提供咨询和接诊服务。

2006年5月，重回乌市，和新疆中民族药研究所达成合作协议，租用研究所层楼，成立诊所，作为研究所临床基地，同时将在军总期间取得的科研成果申报院内制剂。由于政策原因诊所名称核定为孔令新中医诊所，对以后品牌打造非常不利。

2006年11月，由新疆中药民族药研究所致函自治区卫生厅，称此诊所为研究所和孔令新合办，申请变更名称为积善堂中医诊所，得到卫生厅批准，后经自治区人大副主任批转给乌鲁木齐市人民政府，乌鲁木齐市卫生局、市天山区卫生局才得以批准，2007年1月，乌鲁木齐市天区积善堂中医诊所正式挂牌成立；

2007年1月，由积善堂中医诊所申报的院内制剂获得自治区药监局批准，获得院内制剂文号，委托疆奇康哈博维药厂生产。

2007年5月，吉木萨尔积善堂中医诊所开业。

2007年6月，首批院内制剂加工出厂，积善堂和乌鲁木齐晚报、晨报、新疆都市报等媒体联合推出寻找801名前列腺患者活动，首家开启免费检查赠药10天；先免费治疗，有效再付费治疗的市场营销模式，引起轰动。后一直作为积善堂的特有模式延续。

2008年7月，积善堂被乌鲁木齐晚报评为风尚之巅·最具成长潜力企业的荣誉称号。

2009年7月5日，经营状况达到高点时，新疆突发震惊世界的暴力恐怖事件，积善堂被迫停止营业2个月，三个月后逐渐恢复营业。为了寻求新的发展空间，孔令新只身前往深圳考察。

2010年10月，因房租到期和政策变化，新疆中药民族药研究所终止合作，收回出租房屋，积善堂中医诊所搬到新疆医药大厦16楼，自治区药监局办公楼顶楼，继续营业。

2011年11月，经过长达1年的考察、试点，最终积善堂和深圳众生元网络科技公司结成战略合作伙伴，由公司负责开始运营全国市场。

2012年1月，积善堂和新疆百姓医院达成合作协议，在新疆百姓医院设技术合作科室，承接社保住院患者，乌市、吉木萨尔、深圳、各个点运营情况良好，还开展了针对周边国家病人的业务，和周边国家的合作也在洽谈中。积善堂发展再次达到高点。

2012年10月，房租到期，医药大厦不再续租，同时新疆百姓医院由福建莆田系接管，积善堂又一次失去了立足之地。

2012年12月，积善堂开发的利湿养阴胶囊获得国家专利。

2013年初，为了积善堂长远发展的需要，决定在吉木萨尔县建基地大楼为百年基业扎下根基。比举得到了当政府的大力支持，在吉木萨尔县城的公园和景观带里批了20亩建设用地并经过项目评审。2013年10月破土动工，由一家房产商和积善堂合作开发，规划为建筑面积17000的医养结合综合楼。

2014年5月，吉木萨尔积善堂中医诊所升格为积善堂中医医院。深圳积善堂医院投资管理有限公司成立。

2015年，由于外地病人越来越多，积善堂在南京增设临床诊疗点。

同年，积善堂养生苑建成，并获得不动产证，规模化的窖藏基地投入使用。

2016年，成立新疆积善堂中医药研究院，独立完成医疗楼的建设。

2016年5月，由于房地产市场的下行，和积善堂合作的开发商资金链断裂，工程无法按期完工。为确保工程不要烂尾，积善堂工程分为医院和养老公寓两部分，由积善堂中医院独自完成医疗楼建设。

2017年10月，医疗楼工程完工，装修完成，达到开业条件。

2018年春节后，积善堂中医医院搬迁新址，正式营业。并获得不动产证。

2018年5月，自治区领导来医院观摩，对积善堂中医院取得的成绩和发展前景给与高度认可。